تأسست ادرة المعاهد الأهلية حسب القرار الوزاري رقم 440/2002 الذي يقضي بشأن استحداث ادارة المعاهد الأهلية وتبعيتها للإدارة العامة للتعليم الخاص .وفي عام 2003 تقرر الغاء اختصاص الإدارة العامة للتعليم الخاص بوزارة التربية في الإشراف على مراكز ومعاهد التدريب الأهلية ونقل تبعيتها واختصاصاتها للهيئة العامة للتعليم التطبيقي والتدريب حسب القرار الوزاري رقم (291/2003).وبعد الاطلاع على القرار الوزاري رقم (1/2008) الصادر بتاريخ 7/1/2008 بشأن الهيكل التنظيمي لأجهزة الهيئة المختلفة , والقرار الوزاري رقم(5/2015) بتاريخ 2/2/2015 بشأن الوحدات التنظيمية التفصيلية للهيكل التنظيمي لأجهزة الهيئة المختلفة واختصاصاتها , تم تغيير مسمى ادرة المعاهد الأهلية الى أمانة السر لمجلس المعاهد الأهلية .في السنوات الأخيرة تم افتتاح العديد من المعاهد ومراكز التدريب الأهلية وأصبحت تنافس في تقديم البرامج التدريبية في جميع المجالات حتى تواكب احتياجات سوق العمل , وقد حازت هذه البرامج على اقبال الشباب من الجنسين لدورها الكبير في تنمية قدراتهم والمساهمة في تنمية المجتمع .وقامت المعاهد ومراكز التدريب الأهلية بالتركيز على زيادة القدرات المعرفية التي تساهم في ثورة المعلومات وتقنية الاتصالات واللحاق بركب العصر واحتلال موقع متميز في المجتمع وهي خير رديف للحكومة لكي يشارك القطاع الخاص في تنمية الكوادر البشرية والوطنية ورفع مستواها .
إدارة المعاهد ومراكز التدريب الأهلية تقوم باعتماد شهادات المعاهد الأهلية من الإدارة وهو اعتماد على صحة توقيع صاحب أو مدير المعهد ولا علاقة لذلك بمحتوى الشهادة سوى مسمى الدورة فقط بما يعني أن شهادات معاهد التدريب الأهلية هي شهادات تثقيفية وخبرة فقط ولا تعادل أي سنة أكاديمية أو جامعية ولا تؤهل لاستكمال الدراسة في أي مرحلة تعليمية . حسب القرار الوزاري رقم 46601/67 وتعديلاته بشأن التعليم الخاص أورد في مادته (18/و) " أن الوزارة غير مسئولة عن الشهادات التي تصدرها المعاهد المسائية وعن الاعتراف بها والتصديق عليها "